Если я отправлю корабль по опасному или смертельному маршруту и потом прогоню пиратов корабль доплывает успешно?

Нет. Когда вы отправили корабль по опасному или смертельному маршруту то ему на перехват тут же вышли пираты. Даже если вы потопите их флот то существует шанс того что вышедшие на перехват пираты все равно настигнут ваши корабли. Следите за тем чтоб корабли отправлялись только по зеленым маршрутам если вы не хотите их терять.